De overleving is bij longtransplantatie minder goed dan bij andere transplantaties, vooral door afstoting en infecties. Om die afstoting tegen te gaan, krijgt de patiënt afweeronderdrukkende medicatie, maar die heeft ook bijwerkingen. Bovendien staan de longen voortdurend in contact met de buitenwereld, wat het risico op infecties vergroot. Daarom komen alleen heel gemotiveerde patiënten in aanmerking. Ze mogen geen andere gezondheidsproblemen hebben die de behandeling in de weg staan. De bedoeling is dat de patiënten door de ingreep langer, maar vooral ook beter leven.
Momenteel loopt er in het UZA een project om een veelvoorkomende vorm van afstoting vroeger op te sporen en te behandelen, met behulp van CT-scans. Op termijn wil de dienst ook starten met ex vivo longperfusie. Dat is een momenteel nog experimentele techniek waarbij de verwijderde donorlongen voor de transplantatie worden bevloeid en beademd om hun kwaliteit te verbeteren.