Ook het coronavirus SARS-CoV-2 is een stukje genetische code (RNA) verpakt in eiwit. Het dringt binnen in gezonde cellen waar het zichzelf kopieert en vermenigvuldigt. Als je aan je pc onophoudelijk dezelfde zin overtikt, kan je tikfoutjes op de duur moeilijk vermijden. Bij een virus gaat het net zo: stukjes code worden verkeerd gekopieerd of weggelaten.
Zorgwekkende varianten
‘Die foutjes of mutaties doen de hele tijd nieuwe virusvarianten ontstaan’, zegt dr. Veerle Matheeussen van de dienst klinische biologie. ‘De meeste varianten hebben mutaties in “onbelangrijke” delen van het genetisch materiaal, maar sommige mutaties zorgen ervoor dat het virus zich anders gedraagt: het is besmettelijker, maakt mensen zieker of het is beter bestand tegen vaccins.’
De Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) monitort welke varianten wereldwijd circuleren en waarschuwt regelmatig voor Variants of Interest (VOI), varianten die we in het oog moeten houden, en Variants of Concern (VOC), zorgwekkende varianten, zoals de alfa-, bèta of gammavariant .
Alle 30.000 letters
Om varianten van het virus op te sporen, moet je het genoom – alle bouwstenen van het genetisch materiaal – van het virus in kaart brengen. Die genoomanalyse of sequencing mag je niet verwarren met de PCR-test, die aantoont of je met het coronavirus besmet bent. Matheeussen: ‘Bij een PCR-test zoeken we in een afgenomen staal naar stukjes genetisch materiaal van het virus. Bij genoomanalyse worden alle 30.000 letters van het coronavirus uitgelezen. Als we dat dan vergelijken met het genoom van de oorspronkelijke virusstam, ontdekken we of en waar er mutaties zitten.’
Voor die genoomanalyse heeft de federale overheid een platform opgericht met 13 laboratoria verspreid over heel België – waar-onder ook het labo klinische biologie van het UZA. -Matheeussen: ‘Om veel stalen in één keer te kunnen analyseren, gebruiken we onder meer apparatuur met hoge doorvoer van de dienst medische genetica.’
Bij een PCR-test zoeken we in een afgenomen staal naar stukjes genetisch materiaal van het virus. Bij genoomanalyse worden alle 30.000 letters van het coronavirus uitgelezen.
Steekproeven en gerichte screening
Het is onbegonnen werk om van alle positieve stalen het genoom te analyseren. ‘Steekproefsgewijs analyseren we er zowat 10 procent van’, zegt Matheeussen. ‘Dat is de basissurveillance. Daarnaast analyseren we specifieke stalen, bijvoorbeeld van mensen die volledig gevaccineerd zijn en toch besmet zijn geraakt, of van terugkerende reizigers uit rode zones.’
De analyseresultaten -worden wereldwijd gedeeld via de internationale databank Gisaid. ‘Daar kunnen we checken waar een variant werd gedetecteerd, hoe frequent hij is en welke virussen van elkaar afstammen. Regelmatig rapporteren de labo’s hun analysegegevens aan de federale minister van Volksgezondheid. Als we een zorgwekkende variant vinden, waarschuwen we ook het Agentschap Zorg en Gezondheid.’
Sneller met de mutatie-PCR
Een genoomanalyse heeft een doorlooptijd van 4 tot 7 dagen. Matheeussen: ‘Toen de alfavariant opdook, stond het genoomanalyse-platform nog niet op punt. Bovendien wilden we hem zo snel mogelijk oppikken, om uitbraken snel in te dammen. De PCR-test spoort 3 stukjes genetische code op. Bij de alfavariant viel door een mutatie een van die 3 stukjes weg – dat noemen we de S-drop-out. Bij positieve stalen met die S-drop-out wisten we dus meteen dat het om de alfa-variant ging, veel sneller dan met genoomanalyse.’
Met dat inzicht ontwikkelde het labo klinische biologie ook voor andere varianten gerichte mutatie-PCR-testen. ‘Als je weet in welk stukje de mutaties zitten die typisch zijn voor een variant, kan je daar vrij gemakkelijk je PCR-test aan aanpassen’, zegt Matheeussen. ‘Natuurlijk kan je daar niet alle varianten mee monitoren of er nieuwe varianten mee opsporen. Daarvoor blijft een volledige genoomanalyse nodig.’
Ook de CoBUSters speuren mee
Sinds eind oktober 2020 rijdt het mobiel testteam (MTT) van het UZA rond in de provincie Antwerpen en Limburg om grote groepen – tot zelfs 2000 mensen – snel en veilig op corona te testen, in speciaal ingerichte testbussen. Dat gebeurt in samenwerking met Altrio Thuisverpleging en Autocars De Polder. De stalen worden geanalyseerd in het Federaal Platform COVID Testing van het UZA/UAntwerpen, onder de vleugels van het labo klinische biologie.
Coördinator Michaël Vanmechelen: ‘Wij leveren tot 3500 stalen per dag aan – daardoor is het testlabo snel uitgegroeid tot het grootste van België. Toen de alfavariant opdook, hebben we een grote rol gespeeld in het outbreak management. Zodra de variant in een school werd aangetoond, gingen we er iedereen testen. Dat kregen we in minder dan 24 uur georganiseerd. Met de speciale PCR-test kon het testlabo dan heel snel zien of de alfa variant circuleerde en kon men zo nodig quarantainemaatregelen nemen.’
Het mobiele testteam is ook actief in het testcentrum Antwerpen-Centraal. ‘In de kosmopolitische diamantwijk komt de hele wereld voorbij – en daar hebben wij ook al zeer vroeg de delta variant kunnen opsporen.’
Ook in het recent geopende testpunt TravelTest op de UZA-campus en in Geel kunnen reizigers en eventbezoekers zich laten screenen.
